Chương trình chuẩn của Bộ Giáo dục và Đào tạo đồng thời có lộ trình, chương trình riêng của trường Phượng Hoàng cho việc tăng cường dạy học các môn Toán, Tiếng Việt, Tiếng Anh, thể chất, kĩ năng sống, các môn năng khiếu; hoạt động ngoài giờ, trải nghiệm thực tế.
Nhằm đảm bảo chất lượng và đưa ra giải pháp học tập, rèn luyện hiệu quả cho từng học sinh, hàng tháng có sự đánh giá, hàng quý phụ huynh sẽ nhận được bảng kết quả các môn học, mức độ cố gắng của học sinh và nhận xét của giáo viên chủ nhiệm thông qua E-mail.
Nhà trường có chương trình hỗ trợ dành cho học sinh cần cố gắng; có chương trình bồi dưỡng nâng cao để một số học sinh có năng khiếu tự tin tham gia các kỳ thi học sinh giỏi các cấp.